Fakultas Ekonomi telah berdiri sejak tahun 1986 ketika masih bernama Universitas Bangkalan. Fakultas Ekonomi Universitas Trunojoyo Madura (FE UTM) saat ini menyelenggarakan 3 (tiga) jenjang pendidikan yaitu D3, S1 dan S2. Program Studi S1 telah terakreditasi yaitu Manajemen (konsentrasi Sumber Daya Manusia, Keuangan, Pemasaran), Akuntansi (konsentrasi Perpajakan, Sektor Publik, Syariah), dan Ekonomi Pembangunan (konsentrasi Perbankan, Perencanaan Pembangunan). Program studi D3 Akuntansi Sektor Publik dan S2 Akuntansi minat studi Akuntansi Forensik. Dan di tahun 2012 ini, Fakultas Ekonomi menambah 2 prodi lagi yaitu Prodi D3 Entrepreneurship dan S2 Manajemen. Jumlah dosen FE UTM adalah 83 orang dengan rincian 1 orang memiliki jabatan akademik Guru Besar, 11 orang Doktor, 13 orang kandidat Doktor dan 61 Magister